农业污染主要来源是农业污水,特别是通过灌溉或雨水,将农田施用的化学农药和化肥带入水体造成农药污染或富营养化；此外，养殖业大量使用抗生素和激素来保证产量,但残留在水中的激素类有害物质造成的水污染是普通自来水加工处理无法去除的,于是这些激素便进入日常生活,成为影响孩子发育的隐形杀手。农业源污染物排放对水环境的影响较大，其化学需氧量排放量为1324.09万吨，占化学需氧量排放总量的43.7%。农业源也是总氮、总磷排放的主要来源，其排放量分别为270.46万吨和28.47万吨，分别占排放总量的57.2%和67.4%。在农业源污染中，比较突出的是畜禽养殖业污染问题，畜禽养殖业的化学需氧量总氮和总磷分别占农业源的96%、38%和56%。专家们警告，农业污染对水资源和环境的破坏有可能超过工业污染。